作為基因組編輯前沿技術，無需產生DNA雙鏈斷裂，也無需供體DNA的參與，可實現靶位點的精準點突變，已成為基因編輯的重要研究方向。
開發新型堿基編輯技術實現堿基顛換甚至任意堿基變換，在合成生物體系構建、遺傳疾病的基因治療、生物性狀修飾等領域具有重要意義。
中國科學院天津工業生物技術研究所張學禮研究員帶領的微生物代謝工程研究團隊和畢昌昊研究員帶領的合成生物技術研究團隊聯合攻關，設計構建了胞嘧啶脫氨酶-nCas9-Ung蛋白復合物，創建出新型糖基化酶堿基編輯器(GBE)，開發了可實現嘧啶和嘌呤間顛換的單堿基基因編輯系統。基于該系統，國際上首次在微生物中實現任意堿基編輯、在哺乳動物細胞中實現C-G堿基特異性顛換。相關成果日前發表在《自然·生物技術》期刊。
新型GBE堿基編輯器獨辟蹊徑
據介紹，現有堿基編輯器只能實現嘧啶間(胞嘧啶堿基編輯器)和嘌呤間(腺嘌呤堿基編輯器)的堿基轉換，尚沒有堿基編輯器實現嘧啶與嘌呤間的特異性堿基顛換。傳統的胞嘧啶堿基編輯器(CBE)在脫氨酶(AID)的作用下，將DNA單鏈上的C轉變為尿嘧啶(U)，經過多次DNA復制才轉化為T。
新型GBE堿基編輯器獨辟蹊徑，利用細胞自身DNA修復系統直接修復該“非常規堿基”，生成特定堿基，實現堿基編輯：將尿嘧啶糖基轉移酶(Ung)帶到由胞嘧啶脫氨酶形成的尿嘧啶堿基位點，在該位點脫去尿嘧啶，建立無嘌呤/無嘧啶(AP)位點，DNA損傷位點誘導啟動DNA修復，從而實現堿基的轉變。實驗結果證明，GBE堿基編輯器在大腸桿菌中可將C特異性顛換為A，編輯特異性平均達到93.8±4.8%，并實現任意堿基間的變化(NBE)。
在哺乳動物細胞中，GBE堿基編輯器能夠在N20序列的第6位胞嘧啶(C6)處進行高特異性的C到G顛換。30個檢測位點，23個位點的C-G編輯特異性大于50%，其中2個位點異性達到90%以上。
首次實現微生物基因堿基任意編輯改造
GBE作為新一代堿基編輯技術，擺脫傳統堿基編輯依賴多次DNA復制的缺點，直接將目標堿基特異性修改成目的堿基，該技術進一步完善堿基編輯系統，填補了現有堿基編輯技術的空缺，在國際上首次實現微生物基因堿基的任意編輯改造，極大提升了基因編輯和合成生物構建能力。
GBE也是第一個可在哺乳動物細胞進行C-G特異性顛換的堿基編輯器，具有較高的特異性和較窄的編輯窗口，將為三千多種已知CG堿基突變引起的人類遺傳疾病治療帶來曙光。該堿基編輯技術的突破，進一步提高了我國生物技術的底層技術能力，將為生物產業核心關鍵技術的自主創新發揮重要作用。
該研究獲得國家重點研發計劃、中國科學院重點部署項目、國家自然科學基金以及天津市合成生物技術創新能力提升行動的支持。相關成果發表在《自然-生物技術》期刊，已申請PCT專利。天津工業生物所趙東東助理研究員、天津師范大學李菊教授和天津工業生物所李斯微助理研究員為論文共同第一作者，天津工業生物所張學禮研究員和畢昌昊研究員為論文的共同通訊作者。(記者 陳曦)
關鍵詞： 新型堿基編輯器
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